杂交诱变和转基因并无本质区别，为什么有了杂交育种技术还要发展转基因育种呢？
育种始终是农业领域的核心问题。科学家在育种实践中发现，育种领域的很多问题通过传统育种技术难以得到有效解决，但通过转基因手段却能够解决。比如，转基因技术能将微生物中的抗虫基因转入植物，实现基因的跨界转移；由于生殖隔离的存在，跨科杂交基本上不可能，杂交在不同种、不同属之间很难进行，通常只能是同一物种的不同亚种之间完成杂交，我们无法期望通过杂交让作物获取微生物中的抗虫基因。与杂交育种相比，转基因技术可以拓宽遗传资源利用范围，实现跨物种的基因发掘、利用，为新品种培育提供一条新途径。
传统育种技术是随机的，很大程度上是靠科学家的经验，比如杂交后产生的基因重组，随机性很大，费尽心血也不一定能得到我们想要的结果。诱变育种通过辐射等让植物发生基因层面的突变，但突变并无固定方向，绝大多数的突变都是我们不需要的突变，经常很多年也筛选不到一株有用的植株。所以，传统育种中运气和经验非常重要。转基因育种能准确地知道目标基因会起到什么样的作用，清楚转进去之后会出现什么结果，效率非常高。
杂交育种、诱变育种过程中也有可能发生不可预知的变化，所以会有不确定性。20世纪六七十年代，美国曾经发生过杂交土豆及杂交西洋芹品种中生物毒素过高的现象。
