杂交育种是为了利用杂种优势，比如马和驴杂交的后代骡子，有马的力气和驴的耐力。在农业上，我们以杂交玉米为例，杂交玉米的种子第二年再次种植，由于杂种优势的消失以及性状分离，产量远不如第一年而且抗病虫害能力也会下降。
现在很多转基因种子都是杂交品种。科学家一般将目的基因导入到一个特定的品种中，创造出新的种质资源，再通过杂交育种的手段，与其它品种进行杂交，尽可能地将多个品种的优良性状集中到一个新的杂交材料里，这样可以更好地培育出综合性状优良的种子。正是因为转基因种子往往是杂交种子，利用了杂种优势这一步，所以才不适合留种。
所以很多人说转基因技术导致现在的种子不能留种其实是冤枉的，那是因为现在很多的商业种子本身就是杂交品种，不适合留种。但并不是所有的转基因种子都不能留种，而是利用了杂交优势的转基因种子不适合留种。如果是将基因转入到常规品种里得到的转基因种子，当然就可以留种了。
