全基因组选择育种（genomic selection，GS）的思想是Meuwissen等学者于2001年最早提出来的，具体是指利用高通量测序技术对群体进行研究，定位到控制某个目标性状的基因，然后通过序列辅助筛选或者转基因的方法来选育新的品种。全基因组选择育种可以获得高准确度的育种值，它主要利用的是连锁不平衡信息，以保证利用标记估计的染色体片段效应在不同世代中都相同。目前，正在绘制鸡、牛、猪、羊等家畜基因组序列图谱及SNP图谱，基因组研究提供了大量的标记，确保了有足够高的标记密度，而且由于大规模高通量的SNP（single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性）检测技术也相继建立和完善，使得全基因组选择方法的应用成为可能，并且将成为一项新的育种技术。
与分子标记辅助选择育种（molecular marker assistant selectionbreeding，MAS）相比，GS技术存在很多优势，首先，它能准确估计所有的遗传和变异效应，而MAS只能对部分遗传变异进行检测，并且容易高估其遗传效应。其次，GS显著缩短了物种的世代间隔，大幅度提高了畜禽选育的遗传进度，生产成本大大降低。最后，GS有效克服了一些MAS难以测定性状的困难，扩大了育种范围，可靠性大大提高。
尽管GS能显著提高畜禽选育的遗传进度，但仍受到许多因素的影响，如标记类型和结构、标记密度和标记间的连锁不平衡程度、表型世代数、性状的遗传特性、世代间隔距离等，因此，在育种过程中，科学家必须通过大量标记和筛选，确定最优遗传性状后才能进行试验，以保证选育的最优性和高效性。
由于GS技术具有降低生产成本并可缩短世代间隔等优势，近几年来，其已成为遗传育种领域的研究热点，尤其在畜禽育种中大量应用。例如，通过该技术已选育出产奶量高、品种优良的奶牛，以及繁殖力、饲料利用率、肉质等性状显著提升的肉鸡、猪等。
