来源：河南科技报
发酵建堆后6天进行第一次翻堆，翻堆时分层加入过磷酸钙和一半石膏粉，并浇水调湿到料内有水流出。第二次翻堆在第一次翻堆后5天进行，翻堆时再加入另一半石膏粉。前两次翻堆时最关键是注意料堆的含水量。由于棉秆吸水慢、吃水量小，蒸发散失水分快。因此，借翻堆的机会补水是保证棉秆发酵优良的重要措施。缺水的表观表现为白点层过密过深甚至达到料堆的底部、棉秆色浅。前两次补水，不怕水大，而忌水小，每次补水补到有少量水淌出为止。第三次翻堆在第二次翻堆后4天进行，加入石灰粉使料的pH值达7.5。第三次翻堆后4天进行第四次翻堆，第四次翻堆后3天进行第五次翻堆，此时料堆宽、高不变，长度缩短。当料堆的表面积减少，不再补充水分。培养料发酵好后3天即可进棚，发酵总时长20-25天。发酵好的培养料，棉秆呈深咖啡色，有发酵香味，无臭味、无氨味，含水量在62%左右，与牛粪混合均匀，pH值在7-7.5。若采用二次发酵，对处于床架上蒸发失水的培养料要补充水分后再播种。
覆厚土浇重出菇水利用棉秆栽培双孢菇，对双孢菇的品种和栽培季节没有特殊要求，和传统利用稻草、麦秸等栽培双孢菇技术基本是一致的，主要步骤还是铺料、接种、发菌、覆土、出菇、采收等。栽培模式一般仍采用地面床栽或层架式床栽。当菌丝长至接近料底部时可以覆土，由于菌丝在以棉秆为主料的培养料上生长特别旺盛，需覆厚土才能将菌丝生长优势转变为出菇优势。覆土厚4厘米，可采用一次覆土法，覆土后把土层调到手搓成团又不粘手的程度。在棚温15℃左右时，5天内菌丝便可扎入土层。当菌丝在覆土层内充分繁殖，需及时喷大量的结菇水，以土层表面光亮或稍有积水为宜，促使菌丝由营养生长向生殖生长过渡，4天左右便有大量菇蕾形成，以后管理同常规。
利用棉秆栽培其他的食用菌品种也完全可以。目前，国内外利用棉秆栽培食用菌主要集中在木腐菌，如香菇、木耳、银耳、金针菇、竹荪等。利用棉秆栽培双孢菇，是栽培料由木质化程度比较低的草本原料向木质化程度比较高的草本原料转移的一个有益尝试，为棉花产区大量棉秆资源的转化利用探索出了一条新路。
