除双孢菇、鸡腿菇等必须采用发酵料栽培外，平菇、姬菇等也有应用发酵料栽培的。多年的生产实践表明：发酵料栽培中的问题之一就是基料发酵不均匀、熟化度不一、含水率不一，甚至出现厌氧发酵现象。因此，基料翻堆时要内外均匀、上下均匀，根据发酵温度和天气状况，每次翻堆应适当补水；双孢菇基料的二次发酵，一定要达到温度要求，并保持规定的时间，否则，极有可能导致栽培失败。
气温尚高，注意虫害
大多数地区从3月至10月底，菇蚊菇蝇类害虫基数一直较大，尤其是菇蝇，基料拌料或发酵期间，它们趋味而来，在基料附近产卵，使得生料栽培时带卵接种，发酵料栽培时活虫进袋，发菌期间便会形成危害，导致“退菌”（开始阶段菌丝浓密，而后菌丝越来越少）。因此，拌料前先清理周边环境，喷洒敌敌畏与多菌灵800倍混合液1次；拌料或装袋期间，若有菇蚊菇蝇类害虫，则喷洒菊酯类药物1000倍液驱杀，并尽快完成接种。发酵料则在最后一次翻堆前用辛硫磷800倍液喷洒，以防害虫在基料附近产卵，或杀死已孵化的幼虫，接种前再喷洒菊酯类药物1000倍液驱杀。
湿度较大，注意防杂
秋季栽培食用菌，空气相对湿度及地面水分均较大，如在大棚发菌，遇有高温或通风不好，发生污染的几率相当大。污染主要是常见的木霉、曲霉、毛霉等，熟料栽培时，链孢霉则是“头号杀手”，一旦形成蔓延，将导致栽培失败。因此，发菌棚启用前要严格消毒杀菌，清理干净后，喷洒百病傻、赛百09等药物，然后揭开草苫晒棚，使药物充分发挥作用，2天后覆盖草苫，在地面撒一层石灰粉，之后即可将接种后的菌袋移入，进入发菌期。发菌期间，每3~5天喷洒百病去无踪等药物1次预防杂菌污染。
严格控制，注意剔杂
发菌期间，严格进行剔杂，一旦发生污染，立即将污染菌袋移到棚外，用药处理，以防蔓延。
长速较快，注意采早
秋季气温很适宜出菇，子实体生长较快，每天都要补充肥水，促使菌盖加厚，提高商品价值。由于子实体长速较快，因此应及时采收，原则是采早不采晚，宁可因采早而降低产量，也不能因采晚而使之老化。老化菇不但食用口感差，而且浪费大量基料营养，并且鸡腿菇等品种，一旦采晚，便会开伞自溶，丧失商品价值。（曹德宾）
