小麦纹枯病主要发生在小麦的叶鞘和茎秆上。在小麦拔节后的发病初期，先在植株下部近地表处的叶鞘上出现边缘“浅褐色”、中间为“灰白色”的云纹状病斑，病斑扩大后可连片形成“花秆”，严重的造成支柱基部1、2节变黑甚至腐烂而导致“死株”现象；茎秆上病斑呈梭形、纵裂，病斑扩大后连片造成“烂茎”。 由于“花秆”、“烂茎”而致使小麦抽不出穗来而形成枯孕穗，或者造成在抽穗后形成枯白穗(结实少、籽粒秕瘦)。
