《办法》规定，任何单位和个人未获得转基因生物安全证书不得开展田间试验；已获转基因生物安全证书的单位，不得扩大试验内容和范围。对违反规定者依法给予行政处罚，并建议农业部停止其安全评价申请资格，情节严重者取消相应的转基因重大专项。
《办法》要求,各级农业部门要重点加强对本辖区转基因作物种子的生产、加工与销售环节监管和执法。对违法生产、加工销售转基因种子的生产经营者，依据《种子法》或《农业转基因生物安全管理条例》相关规定进行处罚，并列入黑名单。
根据《办法》，黑龙江省将建立约谈制度和问责机制。对出现违法违规事件的市、县农业部门主要负责人进行约谈，并通报当地政府。对重大舆情和重大事件隐瞒不报并造成社会影响的，以及有关部门和人员不作为、乱作为造成转基因作物非法扩散的行为要追究责任，严肃处理。
根据《办法》，黑龙江省将建立检打联动制度，对非法从事转基因活动的违法行为，发现一起，查处一起；情节严重，构成犯罪的依法移交司法部门，追究刑事责任。
