每年总有一些农户因浸种、催芽过程把关不当，造成种子发芽不整齐，甚至发酵发臭引起烂种，造成了不应有的损失。
一、烂种原因
1、水质不净、换水不勤。杂交水稻种子由于在制种过程中喷施了“920”、“调花灵”、“磷酸二氢钾”、米醋等激素和药物，加上母本张颖角度大，颖壳上吸附了各种激素和微生物，如果浸种换水不勤、水质浑浊，易产生气泡，发酸发臭，就会影响发芽率，甚至烂种。
2、强氯精浸种消毒，没有把好关口。强氯精对水稻细条病、白叶枯病、稻瘟病、恶苗病等有很强的杀菌作用，但对发芽率也有一定的影响，如果浸种浓度太高，冲洗不干净，会降低发芽率。
3、乱用浸种催芽工具。一些农户用通透性差的化肥、农药、塑料袋浸种，有毒物质难排出，新鲜氧气也不易进入，毒害了种子。
4、催芽没有控制好水分和温度。责任田分田到户后，催芽方式五花八门。催芽时没有测量好温度，又没勤检查，全凭经验和感觉，无法控制好水分和温度，易造成烧芽烂种。
二、提高杂交水稻种子发芽率，防止烂种的主要技术措施
1、种子浸种前要晒种。晒种时间安排在浸种前3天，晒时薄摊、匀摊、勤翻、晒至口咬谷粒有响声为度。晒后放在干燥处等待浸种。
2、活水浸种。种子用袋装好，置于小溪、小河或水龙头下用流动活水浸种，可有效清除附着于颖壳上的激素和微生物；无活水浸种条件的，应做到勤换水，勤冲洗、防止发酸发臭。
3、选用容易透气的浸种催芽工具。禁用密不透气的塑料袋，尽可能不用化肥、农药袋。
4、把好种子消毒关。水稻许多病害都附着在种子上，因此播种前结合浸种要进行种子消毒，强氯精是种子消毒的良好药剂，但一定要掌握好剂量和浓度，其浸种技术要点，一是每5克强氯精加水2公斤，可浸2公斤种子；二是先将种子用清水先浸12小时，再置于配好的药液中浸12小时，而后捞出种子用清水冲洗干净，再用清水浸种至催芽。
5、提倡少浸多露浸种（夜浸日露）。杂交水稻种子不耐浸泡，随着浸泡时间的延长，吸胀过度，造成种子损伤，使发芽生长不旺盛，其次浸种过长易使水质变坏导致发酸发臭。为此提倡夜浸日露的间歇浸种有利于提高发芽率。
