2011年9月6日农业部公告第1643号公布， 2015年4月29日农业部令2015年第1号修订。
第一条 为加强转基因棉花种子生产、经营许可管理，根据《中华人民共和国种子法》、《农业转基因生物安全管理条例》和《农作物种子生产经营许可管理办法》，制定本规定。
第二条 转基因棉花种子生产、经营许可证，由生产所在地省级人民政府农业行政主管部门审核，农业部核发。
第三条 申请领取转基因棉花种子生产许可证的，应当具备以下条件：
（一）注册资本不少于3000万元；
（二）生产的品种取得农业转基因生物安全证书并通过品种审定；生产具有植物新品种权的种子，还应当征得品种权人的书面同意；
（三）具有完好的净度分析台、电子秤、置床设备、电泳仪、电泳槽、样品粉碎机、烘箱、生物显微镜、电冰箱各1台（套）以上，电子天平（感量百分之一、千分之一和万分之一）1套以上，扦样器、分样器、发芽箱各2台（套）以上，pcr扩增仪、酸度计、高压灭菌锅、磁力搅拌器、恒温水浴锅、高速冷冻离心机、成套移液器、酶标仪、洗板机、凝胶成像系统各1台（套）以上；检验室150平方米以上；
（四）有仓库500平方米以上，晒场1000平方米以上或者相应的种子干燥设施设备；
（五）有专职的种子生产技术人员、贮藏技术人员和经省级以上人民政府农业行政主管部门考核合格的种子检验人员各3名以上；有专职的农业转基因生物安全管理人员1名以上；
（六）生产地点在农业转基因生物安全证书批准的区域内，无检疫性有害生物；
（七）符合棉花种子生产规程以及转基因棉花种子安全生产要求的隔离和生产条件；
（八）有相应的农业转基因生物安全管理、防范措施；
（九）农业部规定的其他条件。
第四条 申请转基因棉花种子生产许可证，应当向审核机关提交以下材料：
（一）转基因棉花种子生产许可证申请表；
（二）营业执照复印件；种子检验等设备清单和购置发票复印件；在生产地所在省（自治区、直辖市）的种子检验室、仓库的产权证明复印件；在生产地所在省（自治区、直辖市）的晒场的产权证明（或租赁协议）复印件，或者种子干燥设施设备的产权证明复印件；计量检定机构出具的涉及计量的检验设备的检定证书复印件；相关设施设备的情况说明及实景照片；
（三）种子生产、贮藏、检验技术人员资质证明及劳动合同复印件；农业转基因生物安全管理人员情况说明和劳动合同复印件；
（四）种子生产地点检疫证明；
（五）品种审定证书复印件；
（六）生产具有植物新品种权的种子，提交品种权人的书面同意证明；
（七）种子生产安全隔离和生产条件说明；
（八）农业转基因生物安全证书复印件；
（九）农业转基因生物安全管理、防范措施说明；
（十）农业部规定的其他材料。
转基因棉花种子生产许可证申请者已取得转基因棉花种子经营许可证的，免于提交前款第二项规定的材料和种子贮藏、检验技术人员资质证明及劳动合同复印件，但应当提交转基因棉花种子经营许可证复印件。
第五条 申请转基因棉花种子经营许可证，应当具备以下条件：
（一）注册资本不少于3000万元，固定资产不少于1000万元；
（二）经营的品种取得农业转基因生物安全证书并通过品种审定；经营具有植物新品种权的种子，还应当征得品种权人的书面同意；
（三）有符合本规定第三条第三项和第四项要求的种子种子检验设施设备、仓库、晒场或相应的干燥设施设备；有营业场所300平方米以上，种子加工成套设备总加工能力1吨/小时以上，配备棉籽化学脱绒设备；加工厂房500平方米以上；
（四）有专职的种子加工技术人员、贮藏技术人员和经省级以上人民政府农业行政主管部门考核合格的种子检验人员各3名以上；有专职的农业转基因生物安全管理人员1名以上；
（五）有相应的农业转基因生物安全管理、防范措施；
（六）经营区域在农业转基因生物安全证书批准的区域内；
（七）农业部规定的其他条件。
第六条 申请转基因棉花种子经营许可证，应当向审核机关提交以下材料：
（一）转基因棉花种子经营许可证申请表；
（二）营业执照复印件；
（三）种子检验、加工等设施设备清单和购置发票复印件；种子检验室、加工厂房、仓库的产权证明复印件；晒场的产权证明（或租赁协议）复印件，或者种子干燥设施设备的产权证明复印件；计量检定机构出具的涉及计量的检验、包装设备的检定证书复印件；相关设施设备的情况说明及实景照片；
（四）种子检验、加工、贮藏等有关技术人员的资质证明及劳动合同复印件；专职的农业转基因生物安全管理人员情况说明及劳动合同复印件；
（五）品种审定证书及农业转基因生物安全证书复印件；经营具有植物新品种权的转基因棉花种子，还应当提交品种权人的书面同意证明；
（六）农业转基因生物安全管理、防范措施说明；
（七）农业部规定的其他材料。
第七条 审核机关应当自受理申请之日起20个工作日内完成审核工作，并签署审核意见上报核发机关。审核时，应当对营业场所、加工仓储设施、检验设施设备进行实地考察并查验有关证明材料原件。
核发机关应当自收到申请材料和审核意见之日起20个工作日内完成核发工作。核发机关认为有必要的，可以进行实地考察。符合条件的，发给转基因棉花种子生产、经营许可证并予公告；不符合条件的，书面通知申请人并说明理由。
第八条 转基因棉花种子生产许可证编号为“__（x）农种生许字（x）第x号”，“__”上标注“g”，第一个括号内为发证机关简称，第二个括号内为首次发证年号，第三个号码为四位顺序号。
转基因棉花种子经营许可证编号为“__（x）农种经许字（x）第x号”，“__”上标注“g”，第一个括号内为发证机关简称，第二个括号内为首次发证年号，第三个号码为四位顺序号。
第九条 转基因棉花种子生产许可证有效期为3年，经营许可证有效期为5年，同时不得超出农业转基因生物安全证书规定的有效期限。
第十条 转基因棉花种子生产、经营许可的其他事项，按照《农作物种子生产经营许可管理办法》有关规定执行。
第十一条 本规定自2011年10月7日起施行。本规定施行之日前已取得转基因棉花种子生产、经营许可证，且有效期在本规定施行之日至2012年10月7日届满的企业，其许可证的有效期自动延展至2012年10月7日，但农业转基因生物安全证书的有效期在2012年10月7日前届满的，该企业转基因棉花种子生产、经营许可证的有效期以安全证书的有效期为准。
