依据国际食品法典委员会的标准，我国制订了《农业转基因生物安全评价管理办法》《转基因植物安全评价指南》等相关文件。评价内容主要包括四个部分。第一部分是“基本情况”：包括供体与受体生物的食用安全情况、基因操作、引入或修饰性状和特性的叙述、实际插入或删除序列的资料、目的基因与载体构建的图谱及其安全性、载体中插入区域各片段的资料、转基因方法、插入序列表达的资料等；第二部分是“营养学评价”：包括主要营养成分和抗营养因子的分析、营养功效试验等；第三部分是“毒理学评价”：包括急性毒性试验、亚慢性毒性试验等；第四部分是“过敏性评价”，主要依据联合国粮农组织与世界卫生组织提出的过敏原评价决策树依次评价，防止增加过敏性风险。另外，对转基因生物及其产品在加工过程中的安全性、转基因植物及其产品中外来化合物蓄积情况、非预期作用等方面也要进行安全性评价。
根据农业转基因生物安全委员会对转基因大豆的安全性评价结果，以及中国疾病预防控制中心营养与食品安全所、农业农村部农产品质量监督检验测试中心（北京）、农业农村部转基因植物用微生物环境安全监督检验测试中心等单位的检测验证表明，转基因大豆与非转基因对照大豆同样安全，消费者可放心食用。
