小麦纹枯病和小麦茎基腐病是两种不同的病害，它们的主要区别在于发病部位和症状表现。
1.小麦纹枯病：
小麦纹枯病在小麦的不同生育期都可发生，主要危害叶鞘和茎秆。发病初期，病斑呈淡黄色小斑点，后发展成典型的黄褐色梭形或眼点状病斑。病部逐渐扩大，颜色变深，并向内侧发展延及茎秆，基部茎节腐烂，幼苗不抽生新叶，猝倒死亡。小麦生长中后期，叶鞘上的梭形病斑联合，呈云纹状，中间淡黄褐色，周围有较明显的棕褐色环圈。茎部病斑梭形，边缘褐色，中部灰白至草黄色。病斑可沿叶鞘向植株上部扩展，直至剑叶，可形成青褐色至黄褐色花秆，叶鞘及叶片早枯。麦株间湿度高时，病斑也可向内发展深入茎秆，导致烂茎，造成倒伏、枯孕穗或枯白穗。
2.小麦茎基腐病：
这种病害主要影响小麦的茎基部。小麦茎基腐病在苗期就会开始感染，病菌最早是通过衰败的芽鞘侵入地中茎，然后向上扩展到分蘖节。被危害的叶鞘会变成褐色或黑褐色。等待小麦返青后，病菌还会继续向上扩展，并且会在茎基节间形成茶褐色病斑。小麦会因为受此病的影响而生长缓慢，严重时就会开始死亡。此病主要危害小麦茎基部的1、2节叶鞘。被危害的叶鞘会变成褐色或黑褐色（俗称酱油杆），主要表现为茎基部变褐色茎秆输导组织不能向上供应植株所需的养分，造成小麦叶片发黄，后期植株折倒、枯死和枯白穗，潮湿的环境下茎节处出粉红色或白色霉层。
