造成樱桃番茄着色不良的原因很多，概括起来主要是温度过高、光照过强、氮肥施用过多而钾肥施用不足等。
棚内温度过高。番茄果实着色的过程是叶绿素分解和茄红素、类胡萝卜素形成的过程。当棚内温度过高或过低时，都会抑制茄红素的形成。一般情况下，当棚内温度高于30℃时，就会影响茄红素的形成。在很多拱棚内因前期连阴天较多，不少菜农已经撤掉了遮阳网，导致棚内温度在40℃以上，长时间的高温势必会导致樱桃番茄着色不良。建议菜农将撤掉的遮阳网重新覆盖上，确保棚内温度适合樱桃番茄正常生长。
光照过强。在拱棚内只要是果实被叶片遮住的部分或背阴部分，樱桃番茄普遍着色较好，而完全暴露在阳光下的或向阳面的果实颜色发黄。这种现象说明光照过强同样会抑制茄红素的形成，导致着色不良。建议菜农在晴天应注意遮阳网的使用，并尽量加大放风口；另外摘叶不可过度，可用叶片遮挡果实，避免光照过强。
氮肥使用过多、钾肥使用不足。因现在温度较高，菜农在施肥时往往注重氮肥的施用，忽视了钾肥的施用，同样会造成樱桃番茄着色不良。氮素过多，樱桃番茄容易出现绿肩现象；而钾肥不足时容易出现黄绿色果肩。因此在膨果期应注意增施钾肥，同时应减少氮肥的用量。
